Badan Penyelenggara Sekolah Tinggi Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Raja Haji adalah Yayasan Raja Haji Fisabilillah. Badan penyelenggara adalah Yayasan Raja Haji Fisabillillah yang didirikan pada tanggal 25 Juni 2010 berdasarkan Akta Notaris No.68, Notaris A. Nugroho Hartadji, SH yang berkedudukan di Tanjungpinang Provinsi Kepulauan Riau dengan izin Kemenkumham RI No. AHU-3581.AH.01.04 th 2010 tanggal 27 Agustus 2020.
Yayasan Raja Haji Fisabilillah untuk pertama kali didirikan berdasarkan Akta Notaris Erry Chandra, SH, Notaris di Tanjungpinang nomor 5, tanggal 12 Agustus 1998. Yayasan Raja Haji Fisabilillah mengalami perubahan melalui Akta nomor 33 tanggal 21 Juni 1999 yang dibuat di hadapan Haji Abdul Rahman, SH, notaris di Tanjungpinang. Berdasarkan Pasal 71 Ayat (1) hingga (4) Undang-Undang Nomor 28 tahun 2004 tentang Perubahan Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2001 tentang Yayasan, Yayasan Raja Haji Fisabilillah yang didirikan berdasarkan akta nomor 5 tanggal 12 Agustus 1998 dan akta perubahan nomor 33 tanggal 21 Juli 1999, selaku Badan Penyelenggara Sekolah Tinggi Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Raja Haji tidak dapat menjalankan aktivitas organisasi sebagai Badan Penyelenggara dan atau Yayasan.
Untuk keperluan menjalankan aktivitas pengurusan mengukuhkan kembali izin penyelenggaraan dan pengelolaan Sekolah Tinggi Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Raja Haji dan 3 (tiga) program studi untuk jenjang pendidikan program S1 di lingkungan Sekolah Tinggi Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Raja Haji di Tanjugpinang berdasarkan Kepmendikbud No.133/D/O/2009 tanggal 22 Juli 1999 yang dianulir dan atau dimakzulkan oleh Keputusan Mendikbud No.06/D/O/2008 tanggal 14 Januari 2008 dan No. 055/D/O/2009 tanggal 11 Mei 2009, maka didirikan kembali Yayasan sebagai Badan Penyelenggara dengan mengggunakan nama Yayasan Raja Haji Fisabilillah agar berkesinambungan dan tidak putus dari konteks kesejarahan awal mula berdirinya serta tidak terjadi perubahan administrasi yang mendasar.
Yayasan Raja Haji Fisabilillah yang diaktifkan dan atau didirikan kembali berdasarkan akta notaris nomor 68 tertanggal 25 Juni 2010 dibuat di hadapan Augi Nugroho Hartadji, SH di Tanjungpinang sebagai badan penyelenggara Sekolah Tinggi Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Raja Haji dan terdaftar di Kemenkumham RI No. AHU-3581.AH.01.04 Tahun 2010 tertanggal 27 Agustus 2010. Pada akta ini susunan pengurus Yayasan Raja Haji Fisabilillah adalah:
Dewan Pembina Yayasan : Dr. Suhardi., Drs., M.Si., Ph.D
Dewan Pengurus Harian :
Ketua : Drs. Azirwan., MA
Sekretaris : Dr. Endri Sanopaka., S.Sos., MPM
Bendahara : Yanti Fitriani., S.Sos.
Pengawas : Drs. Zamzami A. Karim., MA
Yayasan Raja Haji Fisabilillah melakukan perubahan yang pertama Anggaran Dasar melalui Akta Nomor 94 tanggal 22 Maret 2019 yang dibuat oleh Notaris A. Nugroho Hartadji., SH di Tanjungpinang.
Akta Nomor 25 tanggal 25 Juni 2010 dan Akta Nomor 94 tanggal 22 Maret 2019 dilakukan perubahan Anggaran Dasar ketiga kalinya melalui Akta Nomor 66 Tanggal 27 Juli 2022 dibuat di hadapan Notaris A. Nugroho Hartadji., SH di Tanjungpinang, dan terdaftar di Kemenkumham RI Nomor . AHU-0023841.AH.01.12 Tahun 2022 tanggal 29 Juli 2022. Pada akta ini susunan pengurus Yayasan Raja Haji Fisabilillah terjadi perubahan menjadi:
Dewan Pembina Yayasan :
Ketua : Mehrunnisa
Anggota : Dra. Afriani
Dewan Pengurus Harian :
Ketua : Drs. Azirwan., MA
Sekretaris : Siti Adhani Sariaty., S.Sos.,
Bendahara : Yanti Fitriani., S.Sos.,
Pengawas : Sumiatun